Las siguientes son las principales líneas de trabajo en torno a las cuales el Ministerio de Agricultura estructura su labor.
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Desarrollo rural y buen vivir.
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Fortalecimiento de la agricultura familiar campesina.
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Agua y emergencia climática.
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Sustentabilidad.
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Seguridad y soberanía alimentaria.
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Desarrollo forestal.
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Competitividad en base a la innovación, desarrollo y transferencia tecnológica.
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Cooperación internacional y comercio exterior.